2003 wird im Parlament bekannt, dass die für die Neat mittlerweile vorgesehenen rund 15 Milliarden Franken (Preisbasis 1998) nicht reichen. 2007 legt der Bundesrat daher eine "Gesamtschau zu Bau und Finanzierung von Infrastrukturvorhaben des öffentlichen Verkehrs" vor. Die Neat-Kosten werden nun auf rund 19 Milliarden geschätzt, allerdings beinhaltet der Betrag die Streichung des Zimmerberg-Basistunnels, des Hirzeltunnels und weiterer Zufahrtsstrecken aus den Neat-Plänen. Letztere werden im Rahmen der Zukünftigen Entwicklung der Eisenbahnstruktur (ZEB) doch noch realisiert. Im März 2009 stockt das Parlament den Kredit für die noch einmal redimensionierte Neat auf 19.1 Milliarden auf. Für die ZEB bewilligt das Parlament 5.4 Milliarden Franken. Damit ist die Neat nun endgültig finanziert.
« Der Bau der Neat benötigt mehr Geld als was bisher dafür ausgegeben wurde. »
Bundesrat, Botschaft, 17.10.2007