Au Gothard, la concrétisation du projet NLFA commence le 4 octobre 1993, avec le début des travaux pour le système de sondage de Piora. Au Lötschberg, le creusement de la galerie de sondage de Kandersteg commence au printemps 1994. Les analyses géologiques pratiquées sur les deux sites doivent permettre de définir le meilleur tracé. Les projets élaborés pour les travaux se fondent sur ces données, ainsi que sur les normes régissant la technique ferroviaire et sur les consignes politiques.
« La fiabilité des pronostics géologiques et géotechniques quant à une galerie de sondage est relativisée par les résultats obtenus lors du creusement de cette même galerie. »
T. R. Schneider, Bases de projet géologiques et géotechniques de la galerie de sondage du synclinal de Piora, p. 15, 31.08.1991