Lorsque le conseiller fédéral Moritz Leuenberger, le 18 avril 1996, rend visite au gouvernement du canton d'Uri pour discuter des NLFA, de nombreuses questions sont encore ouvertes: l'aménagement du territoire, la protection de l'environnement et la date de construction des voies d'accès. Pour les Uranais, il est important que celles-ci soient ouvertes en même temps que l'axe du Gothard ; ils craignent que, dans le cas contraire, leurs exigences ne soient pas prises en compte. Uri impose partiellement ses vues dans des négociations longues et conflictuelles et le Conseil fédéral accepte une variante souterraine pour la voie d'accès au tunnel ferroviaire. Mais le canton reste insatisfait, le calendrier des travaux n'étant toujours pas fixé.

« Une augmentation de la pollution, la perte de presque toutes nos terres et la déconnexion de plusieurs régions du réseau ferroviaire en échange de l’amélioration des possibilités de transfert dans le trafic de transit et de quelques avantages pour l’économie du canton, voilà ce qui nous attend.  »

Ambros Gisler, chef du département de l'Economie publique du Canton d’Uri, Formulation des revendications du Canton d’Uri à l’occasion de la visite de M. le conseiller fédéral Moritz Leuenberger, 16.04.1996