Nel 1991, grazie al coinvolgimento dei Cantoni e delle regioni, è possibile strappare il consenso parlamentare per Alptransit e far vincere il sì in votazione popolare. Per la Svizzera orientale ciò significa rinunciare a una linea transalpina verso i Grigioni, una richiesta dibattuta da oltre un secolo. In contropartita, il progetto Alptransit offre l'integrazione della Svizzera orientale nella «variante rete», ossia il potenziamento delle linee ferroviarie verso il San Gottardo passando per Zurigo e Rapperswil. Il gruppo di lavoro incaricato del progetto si riunisce una prima volta nel 1989 e propone di collegare la Svizzera orientale attraverso le gallerie dello Zimmerberg e del Hirzel. Il progetto è tuttavia rimandato a data da definire in seguito al ridimensionamento di Alptransit per motivi finanziari.
« I governi cantonali della Svizzera orientale non possono dichiararsi d'accordo con questa valutazione. »
Governi dei Cantoni GL, SH, AR, AI, SG, GR, TG, Lettera al Consiglio federale, 28.02.1985