Se ralliant au Conseil national, le Conseil des Etats approuve le 17 décembre 2003 le crédit supplémentaire et le déblocage partiel des fonds alloués pour la deuxième phase des travaux, ce qui donne le feu vert à la réalisation du tunnel de base du Ceneri. Lors d'un débat enflammé, le conseiller fédéral Moritz Leuenberger qualifie ce tunnel d'élément indispensable à l'axe du Gothard, arguant que « ce n'est que grâce au tunnel de base du Ceneri que la NLFA deviendra une ligne de plaine continue entre Bâle et Chiasso. »

« Des solutions d’avenir pour le prolongement en direction du sud et en direction du nord. »

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