Les NLFA revêtent une importance capitale pour l'économie. Le projet, dont le coût global est estimé à près de 24 milliards de francs, aura des retombées importantes dans les domaines du génie civil, de la sécurité, et de l'ingénierie des véhicules. À cela s'ajoutent les frais liés à l'exploitation de la ligne ferroviaire du Gothard, mise en service le 11 décembre 2016. Les bénéfices générés par les NLFA ne suffiront pas à couvrir les coûts de construction et d'exploitation. Le projet jette néanmoins les bases pour de futurs investissements dans les secteurs du tourisme, du commerce et de l'industrie. En règle générale, on considère que l'aménagement de l'infrastructure de transport influe favorablement sur le développement économique ; il faut toutefois pour cela que les régions possèdent un certain poids économique propre.
« Dans la mesure où la rentabilité économique du projet n'est pas totalement garantie, une réflexion globale incluant les aspects sociétaux s'avère nécessaire. »
Heinz Diemant, unité Finances des CFF, Exposé sur la rentabilité à la séance d'information sur la ligne de base au Gothard, 15.03.1974
