En juin 1989, l'institut de génie civil pour la planification et l'exploitation de l'EPFZ publie une vaste étude contenant les objectifs et les modèles de l'organisation du projet NLFA. Afin de résoudre les problèmes d'organisation inhérents à un tel projet d'infrastructure, l'étude établit le modèle de «commande-production-exploitation», séparant infrastructure et exploitation, qui fera date. Deux filiales juridiquement indépendantes du BLS et des CFF voient le jour, AlpTransit Gotthard AG et AlpTransit Lötschberg AG. Elles sont chargées par la Confédération de construire les NLFA puis d'en remettre l'exploitation à leurs sociétés mères.
« Il s'agit de soulager le Parlement et le Conseil fédéral dans la gestion des dossiers grâce à une séparation claire des rôles. »
Elektrowatt Ingenieurunternehmung AG, Zurich, organisation du projet NLFA, objectifs, modèles, évaluation, p. 13 - 4, juin 1989