Après les décisions relatives à la construction (1992), à l'échelonnement (1996) et au financement des NLFA (1998), le Conseil fédéral apporte en 1999 des modifications à la politique régionale et à la politique des transports, qui sont loin d'être négligeables mais n'attirent guère l'attention du public. Il avance la réalisation de divers chantiers, comme le tunnel à double voie Zurich-Thalwil ou certains tronçons entre Saint-Gall et Arth-Goldau. C'est la réforme des chemins de fer 1 qui est à l'origine de ce dynamisme, car elle donne un plus grand rôle aux cantons, qui commandent et financent les prestations du transport par rail. Les recoupements entre le projet Rail 2000 et les NLFA sont importants, notamment pour les voies d'accès qui relient ces dernières au reste du réseau.
« Aucune décision ne sera prise quant à une éventuelle priorité donnée au tunnel du Ceneri tant que les questions du système de tunnel et du financement par des tiers ne seront pas résolues. »
Conseil fédéral, Décision du Conseil fédéral au sujet de la deuxième phase, 14.06.1999