L'intégration des cantons et des régions permet au projet des NLFA d'être approuvé par le Parlement en 1991 et accepté en votation populaire. Ce résultat contraint la Suisse orientale à renoncer à sa revendication, vieille de plus d'un siècle, d'une ligne de transit ferroviaire à travers les Alpes orientales. En contrepartie, le projet NLFA promet de relier la Suisse orientale grâce à la variante réseau, qui prévoit l'aménagement de lignes ferroviaires menant au Gothard en passant par Zurich et Rapperswil. La première réunion du groupe de travail chargé de réaliser cette partie du projet remonte à 1989. Les projets des tunnels du Zimmerberg et du Hirzel, censés relier la Suisse orientale, sont toutefois repoussés pour une durée indéterminée suite au redimensionnement du projet des NLFA pour raisons financières.
« Les gouvernements cantonaux de Suisse orientale ne peuvent être d'accord avec cette analyse. »
Gouvernements des cantons de GL, SH, AR, AI, SG, GR, TG, lettre au Conseil fédéral, 28.02.1985
