En 1993, les associations de défense de l'environnement, le Département des transports et de l'énergie et l'Office fédéral des transports discutent des questions encore ouvertes des NLFA. Le «chantier du siècle» fait à maintes reprises l'objet de débats enflammés : jusqu'où peut-on et doit-on aller en matière de protection de l'environnement, comment les associations écologistes peuvent-elles influer sur les tracés, par quelles voies faut-il informer la population ? Le groupe de travail Environnement constitue une plateforme importante pour les débats.

« Selon les bruits qui courent, il est très probable que les valeurs limites soient dépassées. »

Vincenzo Gianella, OFEV (État-major, chef de la section EIE), Procès-verbal de l'atelier Environnement organisé le 19 février 1993 au sujet de l’axe du Lötschberg (hygiène de l’air), 19.02.1999