En 2003, le Parlement apprend que le budget initial de 15 milliards de francs prévu pour le projet des NLFA n'est pas suffisant (base tarifaire de 1998). En 2007, le Conseil fédéral présente son projet «Vue d'ensemble FTP». Les coûts des NLFA se montent dès lors à près de 19 milliards, un montant qui exclut toutefois la construction de certains tunnels et lignes d'accès prévus dans le projet initial, comme le tunnel de base du Zimmberg et le tunnel du Hirzel. Ces deux derniers ouvrages seront finalement réalisés dans le cadre du projet «Développement de l'infrastructure ferroviaire» (ZEB). En mars 2009, le Parlement accorde une rallonge au projet redimensionné des NLFA, portant le total à 19,1 milliards de francs. Il approuve également un crédit de 5,4 milliards de francs pour le projet ZEB, assurant ainsi le financement définitif des NLFA.
« La construction des NLFA nécessite des fonds plus importants que ceux attribués jusqu'ici. »
Conseil fédéral, Message, 17.10.2007
