Un rapport publié en 2003 indiquait que le coût du tunnel du Gothard pourrait augmenter de 516 millions et celui du Lötschberg de près de 300 millions. Dès la fin des années 1980, le financement des NLFA alimente un vif débat au sein de la Délégation de surveillance, de l'Office fédéral des transports, des groupes de travail de l'administration et des directions des travaux. En 2014, l'Office fédéral des transports estime les coûts à 18,2 milliards de francs (prix de 1998).
« Selon les données actuellement disponibles, le coût final de l’ensemble des projets NLFA s’élève à 15 811 millions de francs au 31 décembre 2003. »
Office fédéral des transports, Rapport extraordinaire sur l’évolution des coûts, p. 5, 16.04.2004