Peu après le Conseil des Etats, début octobre 1991, le Conseil national se prononce par 118 voix contre 18 en faveur de la construction des NLFA. Il invoque des arguments relevant de la politique régionale et environnementale et souligne la dimension européenne du projet, argument mis en avant lors des négociations avec la Communauté européenne. Il souhaite soutenir le trafic de marchandises et créer une liaison performante pour le transport de voyageurs. Avec le raccordement de la Suisse orientale et de la Suisse romande, décidé pour des motifs fédéralistes, le projet est fortement couplé à celui de Rail 2000. Trois comités lancent contre la décision du Parlement un référendum en avançant des arguments financiers et environnementaux.

« La Suisse s’efforce d’amener la CE à reconnaître qu’en raison des caractéristiques topographiques et environnementales de notre pays, le transport par le rail, et en particulier le transport combiné, représente la seule solution à court, à moyen et à long terme au problème du transit. »

Commission de gestion, Rapport de l’Office fédéral des transports sur les relations internationales, 31.08.1990