Poco dopo il Consiglio degli Stati, a inizio ottobre del 1991 anche il Consiglio nazionale si esprime a favore della Nuova ferrovia transalpina con 118 voti contro 18, adducendo argomenti di politica regionale e ambientale. Evidenzia inoltre la portata europea del progetto, che viene incluso nei negoziati con la Comunità europea. Il Consiglio nazionale vuole sostenere il traffico merci e creare collegamenti efficaci per il traffico viaggiatori. Con il collegamento della Svizzera orientale e di quella occidentale, dettato da ragioni federalistiche, il progetto si aggancia a Ferrovia 2000. Tre comitati lanciano il referendum contro la decisione del Parlamento facendo valere argomenti di natura finanziaria e ambientale.

« La Svizzera si impegna a far sì che la Comunità europea riconosca che - considerate le caratteristiche topografiche e ambientali del nostro Paese - il trasporto su ferrovia (in particolare quello combinato) è l'unica soluzione a breve, medio e lungo termine al problema del traffico di transito. »

Commissione della gestione del Consiglio degli Stati, Rapporto dell'Ufficio federale dei trasporti sulle relazioni internazionali, 31.08.1990