La ferrovia è considerata un mezzo di trasporto ecologico. Eppure, fin dai suoi albori, deve lottare con la natura avversa che contraddistingue le Alpi. Nel 1935 le FFS pubblicano un album fotografico in cui documentano il grande impegno profuso per proteggere le loro infrastrutture su entrambi i versanti del San Gottardo. Dall'inizio del secolo boschi di protezione e manufatti di vario tipo proteggono il traffico ferroviario da slavine e smottamenti. Sui pendii che sovrastano le linee vengono costruiti ripari valangari.
« Il 24 dicembre 1881 il primo treno passò attraverso la galleria del San Gottardo. Per ben sette anni e cinque mesi gli uomini hanno lottato contro la montagna. »
Opuscolo ESG, La nostra ferrovia del San Gottardo, 1965, pag. 23