Da un rapporto del 2003 emerge che i costi per la linea del San Gottardo potrebbero aumentare di 516 milioni di franchi, quelli per il Lötschberg di quasi 300. Già dalla fine degli anni 1980 il finanziamento della Nuova ferrovia transalpina è oggetto di accese discussioni. Ne parlano tutti: dalla delegazione di vigilanza all'Ufficio federale dei trasporti, dai gruppi di lavoro interni all'Amministrazione alla direzione dei lavori. Nel 2014 l'Ufficio federale dei trasporti stima i costi a 18,2 miliardi di franchi (prezzi del 1998).
« Secondo le stime, il 31 dicembre 2003 il costo finale di tutti i progetti della NFTA dovrebbe aggirarsi sui 15 811 milioni di franchi. »
Ufficio federale dei trasporti, Rapporto speciale sull'evoluzione dei costi, pag. 5, 16.04.2004
