Kurz nach dem Ständerat spricht sich der Nationalrat Anfang Oktober 1991 mit 118 zu 18 Stimmen für den Bau der Neat aus. Er führt regional- und umweltpolitische Argumente ins Feld und betont den Europabezug des Vorhabens, der in die Verhandlungen mit der Europäischen Gemeinschaft eingebracht wird. Ferner will er den Güterverkehr stützen und eine leistungsfähige Verbindung für den Personenverkehr schaffen. Mit der föderalistisch motivierten Anbindung der Ost- und der Westschweiz wird die Vorlage stark an das Projekt Bahn 2000 gekoppelt. Gegen den Parlamentsentscheid ergreifen drei Komitees das Referendum, die finanz- und umweltpolitisch argumentieren.
« Die Schweiz strebt an, dass die EG unter Berücksichtigung der topographischen und umweltpolitischen Besonderheiten unseres Landes den Schienenverkehr, insbesondere den kombinierten Verkehr, als einzige Möglichkeit einer kurz-, mittel- und langfristigen Lösung des Transitproblems anerkennt. »
Geschäftsprüfungskommission des Ständerats, Bericht über die internationalen Beziehungen des Bundesamtes für Verkehr, 31.08.1990