Bundesrat und Parlament verabschieden sich in den frühen 1980er Jahren von den Plänen einer Flachbahn durch die Alpen. Dadurch fühlt sich Hans-Jörg Bertschi herausgefordert. In seiner Dissertation, die der Ökonom 1985 an der Universität St. Gallen einreicht («Der alpenquerende Verkehr. Dargestellt am Ausbau einer neuen Eisenbahntransversale durch die Schweiz»), belegt er auf rund 700 Seiten die Notwendigkeit einer neuen Alpenbahn. Die Dissertation findet grosse öffentliche Beachtung. Sie bringt das Thema der Alpentransversalen wieder auf die Agenda der Politik. Ihr Autor wird mehrfach in die Planungsarbeiten der Neat eingebunden und präsentiert seine Erkenntnisse prominent in den Medien. Damit zündet das Buch die Realisierungsphase der Neat. Bertschi bleibt ihr verbunden. Später wird er Verwaltungsratspräsident der Hupac, eines führenden Unternehmens im Nord-Süd-Eisenbahnverkehr.
« Die Ergebnisse dieser Untersuchung zeigen, dass eine neue Basislinie aus europäischer Perspektive eklatante gesamtwirtschaftliche Vorteile gegenüber einer Null-Lösung aufweist. »
Hans-Jörg Bertschi, Kurzfassung zuhanden des Europarats, S. 15, 01.01.1986