Im Juni 1989 erscheint eine umfangreiche Studie zu den Zielen und Modellen einer «Projektorganisation Neat», erstellt vom Institut für Bauplanung und Baubetrieb der ETH Zürich. Ausgehend von der Frage, wie der Bau eines grossen Infrastrukturprojekts organisatorisch bewältigt werden kann, etabliert die Studie das fortan gültige "Besteller-Ersteller-Betreiber-Modell", das zwischen Infrastruktur und Betrieb trennt. So bauen also zwei rechtlich von der BLS und der SBB unabhängige Gesellschaften, die AlpTransit Lötschberg AG und die AlpTransit Gotthard AG, die Neat im Auftrag des Bundes und übergeben sie für den Betrieb ihren Muttergesellschaften.
« Durch sauber getrennte Funktionen sind das Parlament und der Bundesrat in der Abwicklung der Geschäfte zu entlasten. »
Elektrowatt Ingenieurunternehmung AG, Zürich, Projektorganisation Neat, Ziele, Modelle, Beurteilung, S. 13-4, Juni 1989
