En 1988, la direction du projet NLFA présente cinq variantes au conseiller fédéral Adolf Ogi : Lötschberg-Simplon, Gothard, variante Ypsilon et Splügen 1 et 2. C'est notamment sur ce travail que se fonde le message du Conseil fédéral du 23 mai 1990 sur la construction de la «ligne ferroviaire suisse à travers les Alpes». Il propose de donner suite aux variantes Saint-Gothard et Lötschberg-Simplon.
« La variante Gothard et Lötschberg/Simplon est meilleure que celle en Y avec le Splügen. »
Direction de projet NLFA, Office fédéral des transports, Bases de décision pour une nouvelle ligne ferroviaire à travers les Alpes, p. 3, 12.07.1988