2003 ergibt ein Bericht, dass die Kosten für die Gotthardstrecke um 516 Millionen und die für den Lötschberg um knapp 300 Millionen Franken steigen könnten. Die Finanzierung der Neat wird seit Ende der 1980er Jahre intensiv diskutiert: von der Aufsichtsdelegation, vom Bundesamt für Verkehr, von den verwaltungsinternen Arbeitsgruppen und den Bauleitungen. 2014 schätzt das Bundesamt für Verkehr die Kosten auf 18.2 Milliarden Franken gemessen am Preisstand von 1998.
« Die mutmasslichen NEAT-Endkosten betragen per 31. Dezember 2003 15'811 Mio CHF für alle NEAT-Projekte zusammen. »
Bundesamt für Verkehr, Sonderbericht zur Kostenentwicklung, S. 5, 16.04.2004