Nel 2003 il Parlamento apprende che i circa 15 miliardi di franchi (prezzi del 1998) previsti per Alptransit non sono sufficienti. Nel 2007 il Consiglio federale presenta una panoramica sulla costruzione e il finanziamento dei progetti d'infrastruttura dei trasporti pubblici. I costi di Alptransit sono ora stimati a circa 19 miliardi di franchi, ma con importanti rinunce: non verranno infatti costruite le gallerie dello Zimmerberg e del Hirzel e nemmeno alcune altre tratte d'accesso originariamente previste. Queste ultime vengono tuttavia integrate nel programma per lo Sviluppo futuro dell'infrastruttura ferroviaria (SIF). Nel marzo del 2009 il Parlamento aumenta a 19,1 miliardi di franchi il credito per Alptransit, oggetto di un nuovo ridimensionamento, e un credito di 5,4 miliardi per lo SIF. Il finanziamento di Alptransit è quindi definitivamente garantito.

« La costruzione della NFTA richiede più mezzi di quelli assegnatile. »

Consiglio federale, Messaggio, 17.10.2007